Чтобы изменить формат окончаний строк файла с Dos на Unix в редакторе Vim проще всего использовать команду:

:set ff=unix

Или же выполнить замену строк командой:

:%s/^M//g

чтобы встравить спец символ ^M используйте сочитание клавиш ctrl-v ctrl-m

Так же можно использовать внешнюю утилиту dos2unix, чтобы сделать это.